HPC Singularity : reproduire et partager vos simulations

Overview & Synopsis

La démarche scientifique se base sur la reproductibilité des expériences. Pour des expérimentations exigeant d’importantes ressources de calcul, l’utilisation d’un supercalculateur devient nécessaire. Se posent alors les problématiques des différences d'architecture, de système, de bibliothèques, et des communications entre nœuds de calcul qui sont des notions complexes à appréhender. La résolution de ces problématiques présente un double intérêt : • Permettre facilement de rejouer les simulations et par conséquent permettre la validation des résultats de recherche ; • Permettre l'ouverture des ressources de calcul à un plus grand nombre d'utilisateurs, grâce à une simplification de l’usage. Pour répondre à ces besoins, l’Université de Strasbourg offre depuis 2019, au sein de son mésocentre, un service de conteneurs basé sur la technologie Singularity. Ces conteneurs incluent à la fois le système d'exploitation, les bibliothèques spécifiques, et le logiciel scientifique compilé. Ainsi, cela permet de répondre à une majorité des problématiques de reproductibilité et de simplicité de diffusion. Dans cet article, nous présentons les technologies de conteneurs, les avantages de Singularity dans un environnement HPC et l’interopérabilité de ce dernier avec Docker. Puis, nous détaillons l’architecture ainsi que les performances obtenues. La conclusion résume ces fonctionnalités et présente les évolutions des usages attendues : une réelle facilité d'utilisation avec des simulations réutilisables et améliorables facilement.