Phylogénie des néogastéropodes : développements méthodologiques et évaluation du succès de l'approche par capture d'exons

Overview & Synopsis

Les néogastéropodes (Mollusca, Neogastropoda) constituent un groupe de prédateurs marins hyperdiversifié, qui inclut plus de 15000 espèces décrites. Malgré des efforts significatifs afin de résoudre les relations phylogénétiques entre les super-familles et familles, celles-ci restent largement irrésolues et basées sur un échantillonnage limité. L'enjeu de la thèse était donc de produire une nouvelle phylogénie, basée sur un plus grand nombre de marqueurs moléculaires, et sur un échantillonnage au rang générique le plus exhaustif possible. Dans un premier chapitre introductif, je présente une phylogénie moléculaire basée sur les génomes mitochondriaux, mais qui restent encore limitée, constat nous ayant conduit à la mise en place d'une approche de capture d'exons. Dans un deuxième chapitre, je présente la méthode de capture d'exons, et en particulier la stratégie de design de nouvelles sondes de capture appliquée, ainsi que le protocole d'échantillonnage mis en place, incluant environ 800 des 1200 genres considérés comme valides actuellement, ainsi qu'un grand nombre de groupes externes. J'ai inclus également un échantillonnage plus dense (plusieurs espèces par genres) pour la famille des Raphitomidae, de façon à tester le pouvoir résolutif de nos marqueurs à différentes niveaux taxonomiques. Le chapitre suivant est consacré à l'évaluation de l'impact de la distance phylogénétique sur la capacité des sondes à capturer les exons cibles, à l'aide d'un jeu de données adaptés. Enfin le quatrième et dernier chapitre présente les phylogénies moléculaires des néogastéropodes et des Raphitomidae, et leur impact potentiel sur la classification. Les résultats obtenus seront ensuite utilisés dans le cadre du projet HYPERDIVERSE pour étudier la dynamique de diversification du groupe et analyser les processus qui pourraient être à l'origine du succès évolutif du groupe.