Étude de l’effet du statut taxonomique et des régions génomiques sur les patrons de polymorphisme et de divergence chez les mammifères

Overview & Synopsis

Cette étude a pour objectif de visualiser l’effet qu’a le statut taxonomique d’une paire d’individus sur les méthodes de détermination des patrons de polymorphisme et de divergence à l’échelle des mammifères. L’impact des différentes zones génomiques, entre codant et aléatoire, sur ces méthodes a également été étudié. Nous avons utilisé des données de séquençage en génome complet disponibles sur la banque de données du NCBI sur plusieurs genres répartis dans la phylogénie des mammifères. Notre étude a montré que le statut taxonomique avait un effet sur une mesure semblable à la Fst calculant la différenciation à partir du polymorphisme appelé l’index de différenciation génomique (GDI). De même, le statut taxonomique avait un effet sur les mesures calculant la divergence génétique. La région génomique a un effet sur les statistiques décrivant les patrons de divergence génétique, mais n’a pas d’effet sur la mesure calculant la différenciation à partir du polymorphisme. Nous avons également mis en évidence un effet du complexe d’espèces sur l’ensemble des statistiques.