Exploration rapide et exhaustive des banques d'ADN

Overview & Synopsis

Ce rapport présente un filtre matériel qui, intégré dans des logiciels couramment utilisés pour l'exploration des banques de séquences d'acides nucléiques, minimise deux inconvénient majeurs : la non exhaustivité des solutions et la lenteur des calculs. La substitution des parties logiciels critiques par ce dispositif matériel réduit les temps de calculs dans de très fortes proportions (de quelques heures à quelques minutes) tout en garantissant des résultats rigoureusement exactes. La mise en oeuvre étudiée (et testée sur des composants reprogrammables électriquement) propose, dans un faible volume, un accélérateur matériel qui peut aisément s'insérer dans un slot d'extension d'un PC ou d'une station de travail.