Séquençage du VIH‎ : apport du NGS en routine et comparaison avec la méthode Sanger

Overview & Synopsis

Le thème principal de ce travail est l’approche NGS dans un contexte où les avancées technologiques dans le domaine de la biologie moléculaire sont en perpétuelle évolution. Le kit Viroseq®, actuellement utilisé au CHU d’Amiens va subir un arrêt programmé. Il est alors nécessaire de trouver une solution pour pouvoir continuer le séquençage du VIH. Dans un premier temps, le but sera d’évaluer la technique NGS via la technologie Illumina® que ce soit sur le plan technique ou analytique, puis dans un second temps, de comparer les résultats en termes de mutations d’intérêt pour les 3 principales cibles du VIH ainsi que la détection de sous-types avec les 2 autres techniques Sanger évaluées (ABL® et ANRS). L’ensemble des données analysées seront discutées pour permettre la prise de décision au sein du laboratoire de virologie du CHU d’Amiens.