Diversité et évolution de l’Ostreid Herpesvirus type 1

Overview & Synopsis

L’utilisation des nouvelles générations de séquençage (NGS) pour étudier et surveiller les agents pathogènes chez les mollusques bivalves est cruciale pour anticiper la détection de nouveaux agents pathogènes ou l’émergence de nouveaux génotypes. Améliorer nos connaissances et nos techniques de caractérisation génomique permet de mieux appréhender le cycle de vie de ces agents pathogènes, leurs interactions avec les hôtes et de caractériser leur capacité d’adaptation et d’évolution. L’Ostreid Herpevirus 1 (OsHV-1), responsable chaque année de fortes mortalités chez les larves et les juvéniles d’huîtres creuses Magallana gigas. Ce virus a également été détecté chez d’autres espèces de bivalves associés à des mortalités. L’étude du génome d’OsHV-1 est rendue complexe par i) l’impossibilité de le cultiver in vitro car aucune lignée cellulaire pour le propager n’est disponible ii) la présence de grandes régions répétées inversées. En 2019, seuls six génomes du virus OsHV-1 étaient disponibles dans les bases de données publiques, limitant ainsi considérablement notre compréhension de sa diversité spatio-temporelle et parmi différentes espèces hôtes. Dans ce contexte, mes travaux de thèse ont été consacrés à l'acquisition et à l'assemblage de plus de 400 génomes du virus OsHV-1, grâce au développement d'un pipeline bioinformatique spécifiquement conçu pour son analyse génomique. L'analyse de ces génomes a permis de comprendre la structuration spatio-temporelle des populations du virus OsHV-1, notamment en lien avec les mouvements d'huîtres entre différentes zones ostréicoles en France. En complément, les résultats obtenus ont permis de caractériser l’isolement génétique des génotypes viraux de l’huître creuse M. gigas vis-à-vis de ceux retrouvés chez l’huître plate Ostrea edulis et d’inférer des fréquences de transmissions du virus inter-espèces quasi-nulles. Enfin, dans une approche d’évolution expérimentale, l’impact du fond génétique de l’hôte sur la diversité virale a été étudié, révélant l’influence conjointe de la dérive génétique et de la sélection essentiels dans l'évolution du virus OsHV-1. L'ensemble de ces travaux a contribué de manière significative à l'acquisition d’un grand nombre de données génomiques, favorisant ainsi une compréhension plus approfondie de la diversité, de l'évolution et de l'adaptation du virus à son hôte.