Parsing avec erreurs par un protomate

Overview & Synopsis

Mon stage a consisté en l'implémentation en langage C d'un parseur permettant de scanner rapidement une banque de données de séquences protéiques. Le scan permet de connaître l'appartenance des séquences à une famille modélisée par un automate pondéré. Les séquences rendues par le scan peuvent appartenir exactement à la famille ou être à une faible distance de celleci. À la fin du scan on obtient un score résumant l'adéquation automateséquence. Ce programme a été complété par une option permettant de mémoriser pour chaque séquence de la banque de données quel chemin a été pris dans l'automate, et l'évolution du score en fonction de l'avancement dans la séquence. Nous avons également réfléchi à la mise en ligne du programme et pour cela nous avons travaillé sur le découpage en modules de l'interface Web.