Introduction générale aux méthodes comparatives phylogénétiques

Overview & Synopsis

La méthode comparative phylogénétique (PCM pour Phylogenetic Comparative Method) est maintenant un outil classique en biologie de l’évolution, où son utilisation est allée croissante depuis le début des années 1980. Cela se matérialise par la diversité d’approches disponibles actuellement. Cet article explique brièvement les concepts et utilisations des PCMs principales, en tant que méthodes d’analyse des relations entre traits phénotypiques, ou entre phénotype et environnement, dans un ensemble d’espèces liées par leurs relations phylogénétiques dont la prise en compte est au cœur des PCMs. Seul le cas des variables quantitatives est abordé ici. Les deux grands types d’approches, avec ou sans prise en compte d’un modèle explicite d’évolution phénotypique, sont présentées, en particulier la méthode des contrastes indépendants, la Régression Phylogénétique des Moindres carrés Généralisés, ou PGLS (Phylogenetic Generalized Least Squares) et la PVR (Phylogenetic Eigenvector Regression). Le futur des PCMs verra sans doute une incorporation toujours plus grande des méthodes Bayesiennes, et la prise en compte de modèles évolutifs de plus en plus complexes, parfois tenant compte simultanément de plusieurs arbres phylogénétiques.