Les différentes méthodes d'analyse quantitative des protéines dans le domaine pharmaceutique : description, comparaison et nouvelles perspectives

Overview & Synopsis

La protéomique correspond à l'étude d'un ensemble de protéines. Qu'il s'agisse de protéines endogènes ou thérapeutiques, leur quantification est indispensable. Elle permet à la fois de diagnostiquer une maladie et d'orienter un traitement en fonction de la réponse du patient. De plus, elle intervient à chacune des étapes du cycle des médicaments d'origine protéique. Ce manuscrit a pour objectif de mettre en lumière les principales méthodes utilisées pour quantifier les protéines, dans le milieu pharmaceutique et médical. Ces méthodes ont beaucoup évolué depuis un siècle. Des dosages basés sur des réactions chimiques avec les liaisons peptidiques ont d'abord permis la quantification non spécifique de l'ensemble des protéines contenues dans un échantillon. Il est également possible d'effectuer un dosage à partir de méthode séparatives, telles que l'électrophorèse sur gel ou capillaire, ou différents types de chromatographies. La méthode phare pour quantifier les protéines est l'immuno-dosage. Basée sur la réaction antigène-anticorps, cette technique est hautement spécifique et aisée à mettre en oeuvre. Cependant, depuis quelques années, la spectrométrie de masse (MS) apparaît comme une méthode de pointe permettant de répondre à toutes les problématiques de la quantification des protéines. Des appareils à haute résolution permettent d'offrir une grande précision de mesure. Des résultats très sensibles et spécifiques sont obtenus, grâce à des étapes de préparation d'échantillons préalables aux analyses MS. De plus, il est possible de quantifier les protéines de manière relative, avec ou sans marquage isotopique ; mais aussi de manière absolue, grâce à l'ajout d'étalons internes marqués isotopiquement à différentes étapes de la préparation d'échantillons. Le coût très élevé de cette technique et sa difficulté d'utilisation limitent néanmoins sa large diffusion. Finalement, chacune des méthodes décrites peut être utilisée pour différentes applications, allant de la recherche exploratoire à la caractérisation fine d'une protéine complexe.