Utilisation des analyses en mélanges pour l'évaluation et le suivi du statut sanitaire des troupeaux : application à la paratuberculose des ovins

Overview & Synopsis

La paratuberculose est une maladie enzootique contagieuse des ruminants due à Mycobacterium avium ssp. paratuberculosis (Map). La longue période d'incubation et les faibles performances diagnostiques des tests limitent l'efficacité des plans de maîtrise. Les grands effectifs des troupeaux ovins limitent l'approche par dépistage individuel exhaustif, et les plans de maîtrise s'orientent vers la vaccination, dont les effets n'ont pas été évalués dans les troupeaux français. Á partir d'échantillons de sérum et de fèces de près de 4000 brebis issues de 30 élevages du Lot, les performances diagnostiques de deux trousses sérologiques ELISA et d'une qPCR sur fèces ont été estimées par des modèles à classes latentes bayésiens et fréquentistes. Nos résultats confirment la faible sensibilité et le défaut de spécificité des sérologies ELISA pour la détection des ovins infectés ; la qPCR présentant de meilleures performances diagnostiques. Par ailleurs nous avons évalué les performances diagnostiques relatives des ELISA et de la qPCR appliquées à des mélanges d'échantillons. Dans les deux cas les animaux forts répondeurs étaient détectés de façon systématique, les animaux faiblement positifs étant détectés de façon moins constante. Sur la base de simulations, nous avons évalué les performances des stratégies de dépistage et de suivi basées sur les analyses de mélanges d'échantillons à l'échelle des troupeaux. Alors que la sérologie ELISA est apparue insuffisamment spécifique, l'analyse de mélange de fèces par qPCR semble être une approche prometteuse, permettant de détecter des faibles prévalences d'infection. Enfin les travaux menés dans les troupeaux vaccinés ont précisé dans quelles mesures leur situation épidémiologique pouvait être approchée par l'emploi d'analyses en mélanges.