Créer des Heatmaps à partir de grosses matrices en R

Overview & Synopsis

Astuce : Créer des Heatmaps à partir de grosses matrices en R jeu 11 Juin 2020 Guillaume DevaillyAstuce 0 En génomique, et sans doute dans tout un tas d'autres domaines omiques ou big data, nous essayons souvent de tracer des grosses matrices sous forme d'heatmap. Par grosse matrice, j'entends une matrice dont le nombre de lignes et/ou de colonnes est plus grand que le nombre de pixels sur l'écran que vous utilisez. Par exemples, si vous avez une matrice de 50 colonnes et de 20 000 lignes (cas assez fréquent quand il y a une ligne par gène), il y a de forte chances que cette matrice aura plus de lignes qu'il n'y a de pixels sur votre écran-1080 pixels verticaux sur un écran HD (à moins bien sûr que vous lisiez ceci dans un futur lointain d'hyper haute définition). Le problème lorsqu'on affiche des matrices qui ont plus de lignes que de pixel à l'écran, c'est justement que chaque pixel va devoir représenter plusieurs cellules de la matrice, et que le comportement par défaut de R sur ce point-là n'est pas forcément optimal.