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Les dermatophytoses sont des lésions superficielles de la peau glabre et des phanères causées par les dermatophytes, champignons filamenteux spécialisés, capables de dégrader la kératine. Leur prévalence chez l’homme est estimée entre 20 et 25% et continue d’augmenter. Les espèces anthropophiles, qui diffusent bien dans la population, sont les plus fréquentes. L’analyse du profil épidémiologique des dermatophytoses diagnostiquées au CHU de Bordeaux entre 2014 et 2020 confirme la prédominance des onychomycoses des orteils et des intertrigos inter-orteils (85,7% des atteintes), motif fréquent de consultation en dermatologie, et la domination sans partage de Trichophyton rubrum (79,6% des isolats). Le diagnostic mycologique par culture manque de sensibilité et le délai de rendu du résultat est long. Par ailleurs, l’identification des dermatophytes est souvent compliquée par la variabilité de leurs caractères culturaux et des problèmes de nomenclature. Les seuls antifongiques à usage systémique disponibles sont la terbinafine et les azolés. Cependant, des cas de dermatophytoses chroniques ou récalcitrantes sont de plus en plus rapportées, tout comme l’émergence depuis 2017 de souches de T. rubrum, T. interdigitale et T. mentagrophytes résistantes à la terbinafine en Inde, en Asie et en Europe. Dans ce contexte, le principal objectif de cette thèse est de fournir un aperçu actualisé : (i) de la récente révision des espèces de dermatophytes et de leur nomenclature et de donner les noms d’espèces qui devraient être dorénavant adoptés ; (ii) des avantages et des inconvénients de la spectrométrie de masse MALDI-TOF et des outils moléculaires développés pour suppléer aux insuffisances du diagnostic morphologique tout en apportant une réponse plus rapide au clinicien ; (iii) des mécanismes moléculaires impliqués dans la résistance et la tolérance à la terbinafine et aux azolés, et des alternatives et perspectives thérapeutiques proposées.

In this work, we present an agile modeling framework for structured population dynamics, leading to automated generation of population models' equations. The structure of a population, \textit{i.e.} its separation in strata, according to one or many criteria (such as sex, income, health, geographic area or species if dealing with animal populations), represents a major issue for the precision and richness of population dynamics simulations. The intensity of some phenomena and mechanisms is highly dependent on the involved subpopulation characteristics. This modeling framework can be seen as an extension of the classic McKendrick-von Foerster equation, which embeds the population structure. It allows showing, under appropriate hypothesis, an existence and local uniqueness result for the solution of a transport equation. A modeler has been implemented, to generate models that respect the desired structure hypotheses. We illustrate its abilities on an age-structured predator-prey model, subject to migratory dynamics and to an epidemic, based on a SIRD model.

Légende manuscrite sur le document original : ''Kataragama, vue de Kataragama Peak (410 m) vers le sud-ouest. Inselbergs charnockitiques. '' -- Géolocalisation : hypothèse de géolocalisation exacte.

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